Un ser llamado Shin destrulle la ciudad que habitaba un joven llamado Tidus. Este se ha salvado milagrosamente y se encuentra con Yuna, quien esta recorriendo el mundo buscando templos para poder invocar a los Aeons y que estos le ayuden a destruir a la fuerza de la naturaleza que causa estos estragos conocida como Sin.

Según va avanzando la historia, los personajes irán conociendo mas cosas sobre el pasado de Spira. Hace mil años, Spira era un lugar de increíbles avances tecnológicos con ciudades espectaculares. Pero de repente y sin que se sepan los motivos realmente, Sin destruyó toda la civilización y desde entonces la gente ya no ha podido vivir como antes, sin tecnología y esperando a que en cualquier momento Sin vuelva a atacar. Por lo que parece, Tidus y Yuna tendrán que evitar que estos hechos puedan volver a ocurrir en su tiempo, un milenio despues de la ultima destrucción.